赵加栋的个人博客

一生想做浪漫极客

肺微生物组与肺癌之间的相互作用

微生物学习笔记

原文来自:Q. Mao, F. Jiang, R. Yin, J. Wang, W. Xia, G. Dong, W. Ma, Y. Yang, L. Xu, J. Hu, Interplay between the lung microbiome and lung cancer, Cancer Letters (2017), doi: 10.1016/ j.canlet.2017.1...

微生物群对肺内稳态和疾病的作用

微生物学习笔记

原文来自:Wang, J., Li, F., and Tian, Z. (2017). Role of microbiota on lung homeostasis and diseases. Sci China Life Sci 60. doi: 10.1007/s11427-017-9151-1 作为气体交换的地方,肺部不断暴露于环境刺激之下,例如过敏原,微生物和微生物污染物。...

mongodb安装笔记

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参考自:https://www.cnblogs.com/weixuqin/p/7258000.html brew install mongodb 如果报错: mongodb: A full installation of Xcode.app 8.3.2 is required to compile this software. Installing just the Command L...

慢性阻塞性肺疾病肺组织微生物区系研究

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摘要 基本原理: Hilty和同事根据表面刷刷和支气管肺泡灌洗液,研究发现了哮喘和慢性阻塞性肺疾病( COPD )患者肺中的微生物群,这些微生物群现已被其他人证实。 目的:将这些发现推广到人肺组织标本。 方法:从非吸烟者( n48 );无COPD的吸烟者( n48 );极重度COPD患者( COPD全球倡议[GOLD] 4 ( n48 );囊性纤维化( CF ) ( n48 ...

囊性纤维化肺中微生物群落的空间分布

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摘要 囊性纤维化( CF )是一种常见的致死性遗传性疾病,其死亡率最常由肺部微生物感染引起。对CF相关微生物群落的非培养研究表明,CF气道中的微生物多样性远高于单独培养所建议的。然而,这些研究依赖于间接的方法对CF肺进行采样,例如祛痰和支气管肺泡灌洗( BAL )。在这里,我们用标签扩增子焦磷酸测序来表征CF肺解剖上不同区域的组织切片中微生物群落的多样性。肺不同区域的微生物群落差异显著,所...

慢性阻塞性肺疾病肺微生物的宿主反应

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摘要 原理:在慢性阻塞性肺疾病( COPD )中,人肺中相对较少但多样的微生物群可能变得不那么多样。本文探讨了该微生物群与肺气肿组织破坏、终末细支气管数目、浸润性炎性细胞和宿主基因表达的关系。 方法:不依赖培养的焦磷酸测序的微生物分析法从5例COPD患者(慢性阻塞性肺疾病[GOLD] 4期全球倡议)共40个样品和4例供体(对照组)28个样品的细菌16S核糖体DNA的V3–V5区检...

人类肺微生物组综述

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1.原标题:焦磷酸测序分析发现囊性纤维化患者肺部微生物组的改变与肺部功能严重下降相关 ① 慢性呼吸道感染是囊性纤维化的标志性特征; ② 对囊性纤维化患者唾液样品16s rRNA进行测序; ③ 患者被分为肺功能下降(SD)组及肺功能稳定(S)组; ④ 两组肺部微生物组成不同,SD组异质性更高,S组恢复力更高; ⑤ 假单胞菌属与其他囊性纤维化呼吸道微生物互相拮抗。 http://journa...

“健康”吸烟者和慢性阻塞性肺疾病肺部微生物群的分析

微生物学习笔记

摘要 尽管不依赖培养的技术已经显示肺部不是无菌的,但对于慢性阻塞性肺病(COPD)中的肺微生物组却知之甚少。我们使用16S扩增子的焦磷酸测序法,以两种方式分析肺微生物群:首先,使用支气管肺泡灌洗(BAL)来对远端支气管和空气样本进行取样;其次,通过检查在移植时移除的六个受试者的肺中的多个离散的组织部位。我们三个不吸烟者(NS)与肺活量正常,七名吸烟者肺活量正常(“’健康烟民”,HS)和四个...

译--人类肺组织微生物的特征及其与流行病学和临床特征的关系

微生物学习笔记

原文发表在Genome Biology, IF 11.908。 原标题:Characterizing human lung tissue microbiota and its relationship to epidemiological and clinical features 原文地址:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles...

使用Pacbio SMRT测序进行HLA分型

HLA学习笔记

今天在Pharmacogenomics上读到一篇文章,是讲关于用Pacbio公司的测序技术进行HLA分型的,学习一下方法。文章题目是:Construction of full-length Japanese reference panel of class I HLA genes with single-molecule, real-time sequencing翻译一下应该是使用单分子实时...