今天在Pharmacogenomics上读到一篇文章，是讲关于用Pacbio公司的测序技术进行HLA分型的，学习一下方法。文章题目是：Construction of full-length Japanese reference panel of class I HLA genes with single-molecule, real-time sequencing翻译一下应该是使用单分子实时测序构建日本人HLA一类基因参考集
作者是日本东北大学的研究团队，当我打开日本东北大学的主页，瞬间震惊了，東北大学四个大字在校徽上，要不是下面的英文名，真的以为是中国东北大学呢，有图为证。
1.摘要
HLA基因复合体在人种间相差极其大，它在器官和造血干细胞移植方面又特别重要，而且许多疾病与不同的HLA等位基因型相关。研究人员从1070个全基因组测序数据(1KJPN)中构建了一个包含208个日本人的HLA一类基因参考集(ToMMo HLA panel)。对于高质量的等位基因重建，开发了一个PSARP（引物-分离组装和优化？）流程，使用了SMRT测序和短读长测序。这个基因参考集包括139个等位基因，均来自已知的IPD-IMGT/HLA 数据库，包含40个新变异，覆盖了1KJPN中大于96.5%的等位基因多样性。这些新的序列对高分辨率HLA分型、遗传相关性研究和顺式调控元件有重要意义。
2.简介
这里的文字大概每篇文章差不多，摘录几个名词和句子学习。
- graft-versus-host：移植物抗宿主
- hepatitis C：丙肝
- narcolepsy：发作性睡病
- serological：血清学的
- hampered：阻碍
3.材料和方法
- 从WGS数据中提取HLA基因型选用的分析软件是HLA-VBseq。
- PCR产物测序数据的初始分析：AmpliconAnalysis（包含在SMRT analysis中，默认参数）把样品的测序数据分开–BWA-MEM比对IPD-IMGT/HLA中的序列–A、B、C和H。
- 生信方法–PSARP：包含三个部分，a)SMRT测序的HLA等位基因型组装,b)HLA等位基因型的精炼，c)低可信基因的过滤。
- 源代码：http://nagasakilab.csml.org/data/psarp_scripts.zip
我的个人博客：http://blog.zd200572.com和www.zd200572.com
