生物知识个人分享

CHIP-seq作业1

zd00572

step1:计算机资源的准备这个跟转录组对计算资源的要求是大同小异的，最好是有mac或者linux系统，8G+的内存，500G的存储即可。如果你是Windows，那么安装必须安装 git,notepad++,everything，还有虚拟机，在虚拟机里面安装linux，最好是ubuntu。如果本身就是mac或者linux，那么很简单了，安装好wget...

Posted by zd200572 on September 10, 2017

七夕刚过，bioconda中国镜像来临

zd00572

昨天，偶然发现： 8月22号，让生信小伙伴日顾夜盼的bioconda中国镜像已经在清华tuna镜像源的一个服务器上建成了，感谢那个去呐喊的小伙伴@hyacz。镜像地址： https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 一直一来，小伙伴们倍受bioconda服务器在国外，没有国内镜像，下载软件缓慢，不时报错...

Posted by zd200572 on August 29, 2017

2017书单3

zd00572

30.围城钱钟书的一部经典文学作品，只在高中刚开学的时候读过一点，听当时的老帅、班主任王家友讲过一点。王老师的音容笑貌依然在心呀！话说这本书，写的是出国留洋的方鸿进，买了野鸡大学的假文凭后的一系列遭遇，也经历了一系列变故，从由于追其表妹唐婉如不小心错过苏文纨开始，而后又到三闾大学任教，由于没有文凭导致被解凭。在去三闾的路上遇见了未婚妻孙小姐，却由于自己能力不足的自悲感，最终导致了婚姻的破裂...

Posted by zd200572 on August 28, 2017

2017书单2

zd00572

2017年已经过半，继续更新自己的书单 20.生物信息学中的计算机技术这是一本比较老的书，是看清华BI生物信息培训班上罗奇斌推荐的，基本上是在办公室读了一部分然后在地铁上用kindle看完的。里边许多软件是过时了，但是，思想还是对的。只是一种简单的浏览，其实能记住的东西在真的不多。有一章是讲perl的，由于学习perl之前的失败经历，以及现在已经转向Python，而且，Python是趋势，...

Posted by zd200572 on August 24, 2017

中国健康、医疗大数据中心盘点

zd00572

中国健康、医疗大数据中心盘点（持续更新）目前，全国已有超过20个省市申请健康医疗大数据中心及产业园国家试点工程，国内外知名企业也纷纷要求加入。在国家卫生计生委指导下，组建以国有资本为主体的三大健康医疗大数据集团公司，承担国家健康医疗大数据中心、区域中心、应用发展中心和产业园建设等国家试点工程任务。建设一个国家数据中心，加七个区域中心，并结合各地实际情况，建设若干个应用发展中心，也就...

Posted by zd200572 on August 24, 2017

python return 翻车记

zd00572

不是最近在学think Python嘛，失败的是已经完全按照作者答案的算法改写了程序，竟然还是得到的结果不一样。一句一句地分析，花了很长时间，才发现是return语句用错了，放在了程序中间，导致程序提前结束，后边的语句不可能执行的，也是醉了。 def is_pallindrome_number(): list = [] for i in range(198888,...

Posted by zd200572 on August 22, 2017

Roche480软件安装，win10亲测可用

zd00572

首先是软件源文件，感谢有人分享：https://pan.baidu.com/s/1gdprJij 主要参考了这个，（重要的事情说三遍：先看这个先看这个，先看这个！https://wenku.baidu.com/view/603f1de9d1f34693dbef3e11.html这个ppt是罗氏中国的技术支持人员做的，已经可以解决绝大部分问题了，但是，还有两个关键小点要解决，否则，软件不能使...

Posted by zd200572 on August 22, 2017

ascp下载ebi ncbi数据库大文件

zd00572

ascp下载ebi ncbi数据库大文件在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速，就百度了一下，但是发现ncbi的正常可用，ebi的已经不能用了，所以更新一下。 ebi ascp -i asperaweb_id_dsa.openssh -Tr -Q -l 6M -P33001 -L- -k1 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR...

Posted by zd200572 on August 9, 2017

转录组学习笔记7、8

zd00572

除venn图绘制，完全参考自： 1.生信媛(伪）从零开始学转录组（7、8） 2.http://www.jianshu.com/p/324aae3d5ea4 一、使用DESeq2进行差异基因分析 1.导入数据，构建 DESeq2 #所需的 DESeqDataSet 对象 library(DESeq2) countData <- raw_count_filt[,2:5] co...

Posted by zd200572 on August 9, 2017

中国科大开源镜像站的bioconda新镜像申请

zd00572

我在中国科大开源镜像站的github上提交了bioconda新镜像申请，现在处于投票阶段，大家快去投票。地址在这：https://github.com/ustclug/mirrorrequest/issues/125 请在 Github Issue 页面使用 Emoji 表情来投票。请参考这里的使用说明。还有管理员说没有找到可靠的同步方法。希望能由bioconda用户想办法找寻一个同...

Posted by zd200572 on July 20, 2017

生物知识个人分享

CHIP-seq作业1

zd00572

七夕刚过，bioconda中国镜像来临

zd00572

2017书单3

zd00572

2017书单2

zd00572

中国健康、医疗大数据中心盘点

zd00572

python return 翻车记

zd00572

Roche480软件安装，win10亲测可用

zd00572

ascp下载ebi ncbi数据库大文件

zd00572

转录组学习笔记7、8

zd00572

中国科大开源镜像站的bioconda新镜像申请

zd00572

FEATURED TAGS

ABOUT ME

FRIENDS