生物知识个人分享

一生想做浪漫极客

dbsnp结果统计

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数据下载来自ncbi的ftp，想做这个的原因来自于jimmy的生信技能树的论坛帖子： http://www.biotrainee.com/thread-265-1-1.html 我们都知道，一个人的全基因组测序会与参考基因组hg19/hg38有300~600万的snp差异，那么现在已有测序的所有样本与参考基因组hg19/hg38不同的地方是多少呢？全基因组测序已经超过10万例了...

Posted by zd200572 on October 24, 2017

龙芯生物信息学软件应用测试

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1.平台情况 我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！ #由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存 Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 ...

Posted by zd200572 on October 19, 2017

WES学习笔记

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尝试一下jimmy的WES流程，虽然现在云生信势头正猛，做生信的门槛对普通人来说降低了，对专业人士提高了许多，但是谁能阻止我们学习的步伐呢？相信那句「没有白走的路」，继续学习，学习是我的爱好和乐趣。 这是生信技能树上帖子的地址，上面有所有代码，赞！一个如此热爱分享的大神！http://www.biotrainee.com/thread-122-1-1.html 一、软件和数据准备...

Posted by zd200572 on October 14, 2017

circos学习笔记（二）

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今天用自己的数据做了一下circos圈图，当然，是在生信媛那三篇教程的基础之上（http://mp.weixin.qq.com/s/qXDlKf7ut8QF2c5_0hiKpAhttp://www.biotrainee.com/thread-755-1-1.html），修改了部分参数。其实，主要是数据格式的处理过程，我采用python脚本处理的，处理起来感觉还好，没有多少难度，因为大部分的数...

Posted by zd200572 on October 12, 2017

四十而不惑：DNA测序技术前世今生和未来

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这篇综述回顾了DNA测序技术发明四十周年以来的发展历程，规模从几个碱基对第一个人类基因组，我们已经见证了多个技术革命和增长，现在获得的百万人和其他多种的基因组。DNA测序技术已被广泛地使用，包括作为一个广阔的分子的计数器。我们预测，从长远来看，DNA测序的影响将可与显微镜相提并论。 1.DNA测序技术的历史 早期测序 最早是胰岛素（蛋白质）和tRNA早于DNA完成了测序。其中，第一个R...

Posted by zd200572 on October 12, 2017

circos学习笔记（一）

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在我的腾讯微云里找到了一个上研究生阶段细菌基因组的测序拼接结果，想画个圈图玩玩，于是找到了circos(基因组圈图的绘制),发现还总是把它与cytoscape(网络可视化)混了，也是醉了，本来以为是一个的，原来是不同的，一个是用perl写的（前者），后者是用java的。 下面，说一下我的安装过程，就是普通的perl，模块安装，然后解压就好了。我是在Windows下用的，win7 32bit...

Posted by zd200572 on October 11, 2017

爬虫小试-2017影响因子表

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题目来源于生信技能树论坛，参考了几个帖子。 http://www.biotrainee.com/thread-1695-1-1.html http://www.biotrainee.com/thread-1316-1-1.html 比如这个最简单的，表格爬取： http://www.letpub.com.cn/index.p … r=¤tpage=1000 http://www....

Posted by zd200572 on October 9, 2017

各个平台测序仪比较

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数据来源于公众号 陈巍学基因，整理而成。数据可能过时，仅供参考。 我决定简单粗暴的上图片。

Posted by zd200572 on September 25, 2017

HLA NGS数据分析

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主要是参考这个进行的，https://github.com/humanlongevity/HLA 其文章在这：http://www.pnas.org/content/early/2017/06/27/1707945114 首先是拿到fastq文件，然后进行了下fastqc质控，发现质量不咋地，死马当活马医，试试。 然后是bwa比对，先是 bwa index /home/biolinux...

Posted by zd200572 on September 10, 2017

CHIP-seq作业2--数据下载

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step2:读文章拿到测序数据 本次讲解选取的文章是为了探索PRC1，PCR2这样的蛋白复合物，不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq，请注意区别。 文章题目 RYBP and Cbx7 define specific biological functions of polycomb complexes in mouse embryonic stem cells ...

Posted by zd200572 on September 10, 2017

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