生物知识个人分享

一生想做浪漫极客

读书知识笔记2

新华书店看到的几本不错的书

Posted by zd200572 on November 21, 2017

读书知识笔记

陶冶情操的音乐名曲

Posted by zd200572 on November 21, 2017

2017书单4

我的读书清单

37.基因启迪 一本小书，介绍了基因方面的故事，由于读过的时间有点长，竟然已经不大记得这本书讲了些什么。通过百度回忆了一下，是一个在中国任教的外国人写的。 基因如同汽车，都是造福人类的工具，同样有利有弊，不可以偏概全。本书便是作者同时站在基因组学领域局外人和内行人的角度对基因领域的不公平现象、基因行业热点、基因技术的应用及对未来的展望所做的解读，分别对应基因外传、基因纪闻、基因...

Posted by zd200572 on November 19, 2017

学习内容列表

感谢各位知识分享者的辛苦劳动

一、生信技能树 1.wgene和WGS的区别 2.PATH，软件安装 二、测序中国探基平台 1.HPO 2.肿瘤信息学入门 3.精准医学中的精准捕获 4.生物大数据、精准医学和机器学习 5.深度学习的实体与病患表示 6.药物基因组与精准药物治疗 7.DNA测序技术的发展 8.三代测序临床 9.CNV、Small lndel与二代测序 10.SNV、SV（凌少平） ...

Posted by zd200572 on November 19, 2017

CHIP-seq实际操作（续）

学习自生技能树论坛

CHIP-seq实际操作（续3-） 首先声明，虽然是实战，但是其实是学习笔记而已，初学，参考了大量大神的博客和帖子,还有大神引用的大牛的帖子,参考列表见最后。隔了好久了，来更新一下，证明我没有停下来，只是有点慢。。。3-fastq和4-参考基因组已经在转录组的时候学习过了，见我的转录组笔记，还是有点遗忘，因为工作中用的不多，加油，复习。 回顾一下前面的步骤，软件准备、数据下载。 1.St...

Posted by zd200572 on November 19, 2017

质控学习笔记

认识到实践的重要性

质控学习笔记 #1.初识质控的重要性 搞了一堆测序数据，往程序一丢，以为就是生信的分析过程，真正的是要理解每个工具有作用，去根据真正的情况实现正确的处理。拿到一堆数据忙乱如麻大概就是我等小白的水平了，还好有大神的文章引路。 这里放上我参考的文章： 要充分了解你的测序数据–论QC的重要性 NGS测序数据的质量控制 (Quality Control,QC)–生信媛 2...

Posted by zd200572 on November 13, 2017

SILVA数据库全库下载序列的处理

处理用于QPCR引物设计的16S序列

最近在做肠道微生物的课题，搜索得知SILVA数据库是最近更新而且用的最多的，看网上的教程把其全库的序列下载了下来，没有比对的有200多兆，比对完的超过三个G，参考的那个微信公众号文章说只需要下载没有比对的，我还不信邪，把两个都下载下来了，一个解压后有3G，另一个有76g多，实在是难以处理，3g多的还勉强可以操作，于是就一小的文件做了筛选。 筛选用的是我刚入门的python，虽然水平挺菜，但...

Posted by zd200572 on November 9, 2017

GATK软件配套资源中心有什么，如何获取？

zd00572

GATK中文社区 gatk-chinese github 生信技能树 有幸参加gatk中文文档的翻译工作，感觉还是好自豪的，虽然我还不是生信从业者，可以以这样的方式为这个行业做点事情，这就是动力！感谢jimmy和生信技能树！这是第一篇： 原文链接 ： [ What’s in the resource bundle and how can I get it?](https://sof...

Posted by zd200572 on November 5, 2017

GATK软件需要的输入文件是哪些？

zd00572

GATK中文社区 gatk-chinese github 生信技能树 这是第二篇： 原文链接： What input files does the GATK accept / require? 使用GATK进行的分析通常涉及以下几个输入文件(但不一定是全部) : 参考基因组序列 测序读取(reads) 间隔列表？ 有序的参考数据 本文介...

Posted by zd200572 on November 5, 2017

Cytoscape学习笔记

zd00572

坚持学习！我是在win下安装使用的，从南京图书馆借了本《生物信息学理论与技术》，第二章介绍的是Cytoscape，决定尝试一下。 1.先学习一下Cytoscape Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。 Cytosc...

Posted by zd200572 on October 27, 2017

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