step1:计算机资源的准备
这个跟转录组对计算资源的要求是大同小异的，最好是有mac或者linux系统，8G+的内存，500G的存储即可。
- 如果你是Windows，那么安装必须安装 git,notepad++,everything，还有虚拟机，在虚拟机里面安装linux，最好是ubuntu。
- 如果本身就是mac或者linux，那么很简单了，安装好wget吧
需要安装的各种ChIP-seq软件包括 sratoolkit,fastqc,bowtie2,samtools,htseq-count,bedtools,macs2,HOMER,R,Rstudio
软件安装的代码，在生信技能树公众号后台回复老司机即可拿到。
如果呀详细了解计算机配置清单，软件安装等，请查看我们公众号推文
作业1
安装好软件，下载软件的说明书，整理它们的官网链接。
1.软件安装
我表示我是conda党，虽然总有一颗玩玩LFS和Gentoo的心，无奈水平太菜，还有自己有点懒，另外那错误实在是令人无语（我曾经买过一台龙芯2Ｆ 7寸小本，性能是十年前的所以不表，但是由于龙芯生态还不完善，所以源码编译软件各种报错，虽然一直想来个ＬＦＳ，可是水平不够，内核就编不出，所以直到前几天坏了还在尝试。。。至于最近还冒出想要买台龙芯3Ａ3000学习生物信息的念头，看了看大部分软件都是ＢＺ2，木有源码，也就只是想想了。ＬＩＮＵＳ说的对，对于普通人暂时就用生态最好的Ｘ86了，说了好多废话。）。所以，大牛们已为我们做了如此给力的包管理系统，不用浪费呀！我的原则是能用conda等包管理的用之，二进制次之，源码是最后的选择。
系统环境是ＯＳＸ 10.11.5(用的是之前装了很久的黑苹果，最近用优盘引导感觉挺好用的，就用一下。)
conda install sratools fastqc bowtie2 samtools htseq bedtools macs2 r-base r-base-dev rstudio
＃以上代码解决问题，配上清华源，速度杠杠的，爽歪歪呀！
HOMER软件是个坑，conda大法配合手动安装搞定
conda install wget samtools r-essentials bioconductor-deseq2 bioconductor-edger
＃conda安装依赖，官网推荐
wget http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl
＃下载脚本
mkdir biosoft && mkdir biosoft/homer && mv Downloads/configureHomer.pl biosoft/homer
cd biosoft/homer
perl configureHomer.pl -install
#安装之，中途两个警告，试了下可以正常运行
export PATH="/Users/zd200572/biosofts/homer/bin:$PATH"
＃添加到系统变量
2.官网链接、软件说明书
1)homer
官网：http://homer.ucsd.edu/homer/
说明书：http://homer.ucsd.edu/homer/basicTutorial/index.html
2)sratoolkit
官网：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
说明书：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc
3) fastqc
官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
说明书：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/
4) bowtie2
官网：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
说明书：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
5) samtools
官网：http://www.htslib.org
说明书：http://www.htslib.org/doc/#manual-pages
6) htseq
官网：http://htseq.readthedocs.io/en/release_0.9.1/
说明书：http://htseq.readthedocs.io/en/release_0.9.1/
7) bedtools
官网：http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/
说明书：http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/
8)macs2
官网：https://github.com/taoliu/MACS/
说明书：https://github.com/taoliu/MACS/
9)r-base r-base-dev
官网：https://www.r-project.org
说明书：https://cran.r-project.org/manuals.html
10) rstudio
官网：http://www.rstudio.com
说明书：https://support.rstudio.com/hc/en-us
