step2:读文章拿到测序数据
本次讲解选取的文章是为了探索PRC1，PCR2这样的蛋白复合物，不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq，请注意区别。
文章题目
RYBP and Cbx7 define specific biological functions of polycomb complexes in mouse embryonic stem cells
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23273917
从文章里面找到数据存放地址如下：
数据下载：
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42466
- ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP017/SRP017311
作业2
看文章里的methods部分，把它用到的软件和参数摘抄下来，然后理解GEO/SRA数据库的数据存放形式，把规律和笔记发在论坛上面
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数据下载
ＡＳＣＰ下载，完全利用你的带宽：
之前看jimmy大神使用shell 脚本下载的，我试着用python脚本搞定了。
原理是相通的，只不过python还是间接使用shell，大概是多此一举，但我对python最熟了。优点是win下也可用，跨平台。代码周一补上。
import os for i in range(205, 210): print(i) cmd = ' ascp -QT -l 100M -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP017/SRP017311/SRR620' + '%s' % i +'/SRR620' + '%s.sra' % i + ' d:\\' print(cmd) os.system(cmd)
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参数
1）bowtie2:two mismatches were allowed within the seed alignment
2) MACS2:p value cutoff (1 × 10−5).
