质控学习笔记
#1.初识质控的重要性
搞了一堆测序数据，往程序一丢，以为就是生信的分析过程，真正的是要理解每个工具有作用，去根据真正的情况实现正确的处理。拿到一堆数据忙乱如麻大概就是我等小白的水平了，还好有大神的文章引路。
这里放上我参考的文章：
NGS测序数据的质量控制 (Quality Control,QC)–生信媛
2.我的质控探索
1）先看看这惨不忍睹的测序数据：
190以后就低于q20了，2*300PE。
2）Q20过滤一下
trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-1.fastq AVGQUAL:20
#Input Reads: 110124 Surviving: 109315 (99.27%) Dropped: 809 (0.73%)
过滤掉了0.73%，看看情况，好像没什么效果：
继续，加上长度过滤呢：
trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-2.fastq TRAILING:20 MINLEN:150
#Input Reads: 110124 Surviving: 110100 (99.98%) Dropped: 24 (0.02%)
依然没有什么效果呢。
3）滑窗的方法过滤：
trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-3.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:150
#Input Reads: 110124 Surviving: 93050 (84.50%) Dropped: 17074 (15.50%)
终于全部q20以上了，目标初步完成，测试一下，运行程序，结果还可以，就这样了。把丢弃reads长度的阀值往下放点可以获得更多的数据，由于我此次过滤另一个目的在于减少程序的内存占用，于是就用了150。
具体的差别对这次的数据来说是这样的：
biolinux@E431[trim] trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:280
#TrimmomaticSE: Started with arguments:
# ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:280
#Automatically using 4 threads
#Quality encoding detected as phred33
#Input Reads: 110124 Surviving: 1533 (1.39%) Dropped: 108591 (98.61%)
#TrimmomaticSE: Completed successfully
biolinux@E431[trim] trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:260
#TrimmomaticSE: Started with arguments:
# ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:260
#Automatically using 4 threads
#Quality encoding detected as phred33
#Input Reads: 110124 Surviving: 5924 (5.38%) Dropped: 104200 (94.62%)
#TrimmomaticSE: Completed successfully
biolinux@E431[trim] trimmomatic SE ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:220
#TrimmomaticSE: Started with arguments:
# ../HLA-1_S82_L001_R1_001.fastq HLA-1-5.fastq SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:220
#Automatically using 4 threads
#Quality encoding detected as phred33
#Input Reads: 110124 Surviving: 41060 (37.29%) Dropped: 69064 (62.71%)
#TrimmomaticSE: Completed successfully
