(译)flexbar3.0安装笔记

NGS学习笔记

Posted by zd200572 on December 22, 2017

1.源码安装

这是我的弱项,安装以各种报错告终,还好有二进制版本。ps.我曾经为此想要学习从头编译linux或者来个gentoo和arch之类的极客版本玩玩,但是这个难度更大,不过,鉴于我手头的好几台电脑,这个实现还是有希望的。

2.二进制安装

2.1 首先是我遇到的系统更新cdrom问题

百度一下找到了解决方案:

报错信息:Media change: please insert the disc labeled

可以打开文件/etc/apt/sources.list文件,注释掉cdrom那一行。

参考自:http://blog.csdn.net/purplegalaxy/article/details/39495033

2.2 加入环境变量

解压就不说了,这个加入环境变量比较特别,不是PATH,而是别的:

export LD_LIBRARY_PATH=/path/FlexbarDir:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH="/home/biolinux/biosoft/flexbar-3.0.0-linux::$PATH"

运行还是提示找不到命令,于是我又加了一个传统的环境变量。

2.3 还是 gcc报错的解决

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20’ not found

原来是系统自带的gcc版本过低了。

升级到4.9就能解决问题

1 sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
2 sudo apt-get update
3 sudo apt-get upgrade # 这行应该不是必须的。

4 sudo apt-get install gcc-4.9 g++-4.9
5 sudo apt-get install gcc-5 g++-5

搞定:

biolinux@E431[bin] flexbar                             [11:04上午]
flexbar - flexible barcode and adapter removal
==============================================
    flexbar -r reads [-b barcodes] [-a adapters] [options]
    Try 'flexbar --help' for more information.

VERSION
    Last update: March 2017
    flexbar version: 3.0
    SeqAn version: 2.2.0

Available on github.com/seqan/flexbar

Please specify reads input file.

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